Adattabile sia al ruolo di terzino destro che a quello di centrale, Ferrara ha anche registrato 49 presenze con la maglia della nazionale maggiore arrivando terzo ai mondiali del 1990 giocati in casa. La Juventus è sempre stata nel suo destino, il suo esordio in Serie A con il Napoli, infatti, avviene il 5 maggio del 1985 contro i bianconeri. Dopo dieci stagioni all’ombra del Vesuvio torna dal suo ex allenatore Marcello Lippi alla Juventus per 9,4 miliardi di lire. Al suo primo anno in bianconero vince il campionato di Serie A, nel suo secondo alza la Coppa dei Campioni battendo l’Ajax ai rigori. Si ritira dopo la vittoria del suo decimo trofeo con la Juve, lo scudetto 2004-05, che verrà poi revocato.
E’ al dodicesimo posto per presenze in A e con Giancarlo De Sisti e Luciano Castellini è l’unico dei tre calciatori nella storia ad avere più di 200 presenze in campionato con due casacche diverse.
Il 18 maggio del 2009 viene chiamato dalla Vecchia Signora per sostituire Claudio Ranieri in panchina, ma la sua avventura dura soltanto 31 partite e termina nel gennaio dell’anno successivo dopo il KO esterno ai quarti di Coppa Italia contro l’Inter. Nonostante la sfortunata parentesi sulla panchina bianconera, Ferrara resta uno dei giocatori più vincenti nella storia della Juventus, l’asso pigliatutto.