ALLA JUVE, CON CAPELLO E ZEBINA – Il "Puma", così soprannominato per i movimenti felini attraverso cui catturava i palloni, vinse uno scudetto con la maglia giallorossa nei 2001 con Capello in panchina e tre anni più tardi si trasferì alla Juve insieme al tecnico friulano: a causa del passaggio alla squadra da loro più odiata, i tifosi romanisti etichettarono Emerson come un traditore, accusa replicata dal centrocampista, il quale disse che un cambiamento di città avrebbe potuto aiutarlo a superare i suoi problemi di depressione.
IL GOL AL WERDER E L'ESODO – Con la maglia bianconera vinse due scudetti consecutivi (2004/2005 e 2005/2006), realizzando sei reti in 91 presenze. Una di queste reti, i tifosi juventini se la ricordano bene: nel marzo 2006, infatti, il Puma siglò il gol qualificazione nella gara valida per gli ottavi di finale di Champions contro il Werder Brema a pochi minuti dal termine, sfruttando una papera del portiere tedesco Tim Wiese che si fece sfuggire la sfera dalle mani. Nell'estate 2006, fu uno dei protagonisti dell'esodo post Calciopoli che lo vide passare al Real Madrid insieme al suo compagno Cannavaro ed ancora una volta al tecnico Fabio Capello: rimase soltanto un anno in Spagna per poi tornare in Italia e vestire la maglia del Milan nella stagione successiva.
